Después de su muerte, miles de cartas llegaron a Roma para pedir al Papa la apertura de su Causa de Beatificación y Canonización. Entre ellas había cartas de 69 Cardenales y cerca de 1.300 Obispos (más de un tercio del episcopado mundial). Se han atribuido varios milagros a la intercesión del beato Josemaría, incluyendo algunas curaciones médicamente inexplicables. El milagro aprobado para su beatificación fue la curación, en 1976, de una carmelita de la Caridad, la hermana Concepción Boullón Rubio, que se encontraba al borde de la muerte.

Después de un examen exhaustivo de la vida y obra de Monseñor Escrivá -un proceso de casi 10 años- el Papa le beatificó el 17 de mayo de 1992 en la plaza de San Pedro. A la beatificación del fundador de Opus Dei junto con la de Josefina Bakhita, acudieron unas 300.000 personas incluyendo 34 cardenales y 200 obispos. En su homilía, Juan Pablo II dijo a los fieles: "Con sobrenatural intuición, el beato Josemaría predicó incansablemente la llamada a la santidad y al apostolado. En una sociedad en la que el afán de poseer cosas materiales las convierte en un ídolo y motivo de alejamiento de Dios, el beato nos recuerda que estas mismas realidades, criaturas de Dios y del ingenio humano, si se usan rectamente para la gloria del Creador y servicio de los hermanos, pueden ser camino para el encuentro de los hombres con Cristo".

Diez años más tarde, el 6 de octubre de 2002, Juan Pablo II canoniza al fundador del Opus Dei en la plaza de San Pedro ante una multitud de más de 80 países. El Santo Padre, en su discurso a los participantes en la canonización, dijo que "san Josemaría fue elegido por el Señor para anunciar la llamada universal a la santidad y para indicar que la vida de todos los días, las actividades comunes, son camino de santificación. Se podría decir que fue el santo de lo ordinario".